Στα προβλήματα με τις αρμοδιότητες των μελών των Συμβουλίων Διοίκησης, στα οικονομικά προβλήματα των ΑΕΙ με τα συνεχώς μειούμενα κονδύλια, όπως και στα ζητήματα που προκύπτουν από την εφαρμογή του σχεδίου « Αθηνά», αναφέρονται οι πρυτάνεις σε ομόφωνο ψήφισμα που εξέδωσαν μετά το τέλος της έκτακτης συνόδου τους στο Λαύριο.«Η λειτουργία των Πανεπιστημίων έχει απορρυθμιστεί λόγω των ήδη διαπιστωμένων θεσμικών ζητημάτων, που ανέκυψαν, από την εφαρμογή των νόμων 4009/2011 και 4076/2012 (σ.σ. οι νόμοι για την ανώτατη εκπαίδευση) και τα οποία πλήττουν την αυτοδιοίκηση των Ιδρυμάτων και την διασφάλιση των όρων της εύρυθμης λειτουργίας τους», αναφέρεται στο ψήφισμα και ενδεικτικά, επισημαίνεται η επικάλυψη αρμοδιοτήτων των οργάνων διοίκησης, όπως του Πρύτανη και της Συγκλήτου με εκείνες του Συμβουλίου του Ιδρύματος.Το Συντονιστικό όργανο της Συνόδου αναλαμβάνει την καταγραφή των προβλημάτων απορρύθμισης και την άμεση κατάθεση κανονιστικών ρυθμίσεων για την επίλυσή τους.
Στο ψήφισμα τονίζεται ότι η δραστική συρρίκνωση της κρατικής επιχορήγησης των Πανεπιστημίων, οι θεσμικές δυσχέρειες έγκαιρης έγκρισης των προϋπολογισμών τους, καθώς και τα διαρκή νομοθετικά και γραφειοκρατικά εμπόδια για την απαιτούμενη απορρόφηση, ώστε να καλυφθούν οι ανάγκες τους, έχουν θέσει σοβαρότατο θέμα συνέχισης της παρεχόμενης εκπαίδευσης στο Ελληνικό Δημόσιο Πανεπιστήμιο.
Όσον αφορά το σχέδιο «Αθηνά», η Σύνοδος των Πρυτάνεων επισημαίνει τα προβλήματα που δημιουργεί ο βεβιασμένος και ατεκμηρίωτος σχεδιασμός, ιδιαίτερα όταν αυτός οδηγεί σε κατάργηση ή συγχώνευση Πανεπιστημίων, του, κατά τα άλλα, αναγκαίου εξορθολογισμού της Ανώτατης Εκπαίδευσης, ο οποίος θίγει την οικονομική, θεσμική και διοικητική αυτοτέλεια των Πανεπιστημίων με συνέπειες για την εκπαίδευση, την έρευνα και την ανάπτυξη της χώρας. Είναι αυτονόητο, σημείωνουν οι πρυτάνεις, ότι θα πρέπει να ληφθούν υπόψη οι τεκμηριωμένες προτάσεις των Πανεπιστημίων.
Ειδικά για το σχέδιο «Αδαμάντιος Κοραής» επισημαίνεται ότι τα Πανεπιστήμια θα μπορούσαν να θεσμοθετήσουν συνεργατικές δράσεις με την ελεύθερη βούληση των Ανώτατων Ακαδημαϊκών Οργάνων τους και όχι όπως προτείνεται και μάλιστα κατά παράβαση των οικείων συνταγματικών διατάξεων (σ.σ. Οι πρυτάνεις αναφέρονται στην ομοσπονδιοποίηση των πέντε Πανεπιστημίων : Οικονομικό, Πειραιώς, Πάντειο, Γεωπονικό και Χαροκόπειο. Ως συντονιστικό όργανο των ιδρυμάτων αυτών, προβλέπεται η λειτουργία πανεπιστημίου με το όνομα « Αδαμάντιος Κοραής»).Τέλος, στο ψήφισμα τους οι πρυτάνεις τονίζουν ότι ζητήθηκε από όλους κατεπειγόντως χρηματοδότηση των ιδρυμάτων και παράλληλα επισημάνθηκε ο κίνδυνος υποβάθμισης της έρευνας και αποσύνδεσής της από την ανάπτυξη, σε περίπτωση που καταργηθεί η Γενική Γραμματεία Ερευνας και Τεχνολογίας.
Την ίδια ώρα, όπως υποστηρίζουν, τα πανεπιστήμια έχουν καταθέσει καινοτόμες προτάσεις για χρηματοδότηση από το ΕΣΠΑ ώριμων έργων, εξοικονόμησης πόρων, ενέργειας και μείωσης των περιβαλλοντικών επιπτώσεων με γενικότερη σημασία για την ανάπτυξη της χώρας χωρίς καμία ανταπόκριση.
